It will rain.とIt is going to rain.は、文法的にはどちらも正解です。
でも使うべきシーンは変わってきます。
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willのニュアンス
助動詞willは「~だろう」という予測や「~するよ!」という意志を表します。
It will rain.は「雨が降るでしょう。」という予測。

引用:Delawareonline
こういう感じですね。
日本語にすると「~だろう」と訳されるのが一般的ですが、ふわっとした「~だろうねぇ」というニュアンスではなく、未来の出来事を鮮明に見通すニュアンスで使われます。
be going toのニュアンス
be going toのgoingという語感は「goしている」というように、物事に進んでいる感じを表します。また、be going toのtoは「~へ」というように、物事が向かっている方向を表します。
つまり、be going toは物事に向かってどんどん進んでいるニュアンスを表す表現です。
では、It is going to rain.が表す状況はどんな状況かというと

こういう状況です。
雲がもうそこにあって、いかにも雨が降りそうだというときに、It is going to rain.という表現を使います。
まとめ
英文法は丸暗記するんじゃなくて、理屈がわかれば、間違えないし、使うのが楽しくなるので、ちょっとめんどくさくてもちゃんと理解しよう。
雨が降るだろう
- It will rain.:予測
- It is going to rain.:物事に向かってどんどん進んでいるリアリティ
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